農委會主委陳吉仲提到,為因應養寵物的人越來越多的趨勢與需求,農委會規劃讓寵物管理及經濟動物管理分家,並成立「動物保護司」。未來立法院若審議通過,動物保護業務有望與畜產業務分開來,並注入更多資源與人力。 

目前,動物保護科為動物保護業務的最高主管機關,因隸屬於畜牧處,從過去便存在著動保畜牧不分家的狀況,亦有許多動保團體與動保人士呼籲兩者的業務應分開來,或是獨立將動保業務成立司。儘管2011年政府再造時,亦有農委會升格為農業部的規劃,並希望成立「畜產及動物保護司」以提升動物保護業務階級,但後因規劃暫緩,並未成立。

2011年,台南大學行政管理學系吳宗憲教授於亦曾提出成立動物保護司的必要性,其中在組織結構上,他表示動物保護的管理應扮演監督者的角色,而畜產重視經濟價值與實作,兩者性質大不同,放同一司管理,恐有「球員兼裁判」的問題;面對繁雜的業務,行政人力上也恐有不足的問題。

對於本次成立動物保護司的規劃,吳宗憲教授表示:「仍待立法院三讀通過,還差一步,希望這次能通過!」,並提及過去其實有多次的成立規劃,行政院也送至立法院過多次,但每次皆因立委改選而重來。 

除了畜牧及動物保護司,還新成立資訊司與資源永續利用司,林務局也調整為「林業及自然保育署」,以強調產業與保育並重的森林政策。目前該規劃僅為行政院通過草案,尚待立法院通過確立,而動物保護司及各司等內部管理權責,也有待農委會未來更進一步說明。

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